Presidencia: 1 diciembre 1994 - 1 diciembre 2000
Partido político: Partido Revolucionario Institucional (PRI)
En enero de 1992 Salinas le puso al frente de la Secretaría de Educación Pública, donde emprendió una profunda reforma de la educación preescolar, primaria y secundaria que quedó plasmada en el Acuerdo Nacional para la Modernización de la Educación Básica (ANMEB), presentado a la opinión pública en el mes de mayo. En noviembre de 1993 el designado candidato presidencial del PRI, Luis Donaldo Colosio Murrieta, con quien compartía una visión democratizadora del sistema político, nombró a Zedillo coordinador general de su precampaña electoral. Colosio fue asesinado el 23 de marzo de 1994 durante un mitin en Tijuana y seis días después, con el país conmocionado por el magnicidio, el PRI se decantó por Zedillo como el nuevo postulante del oficialismo. Hombre con una imagen de servidor público competente, inteligente y honesto, pero un tanto gris y sin gancho, su ubicación en los círculos de Colosio y Salinas se interpretó entonces como una garantía para la continuidad de las reformas impulsadas durante el sexenio que tocaba a su fin.
El 1 de diciembre de 1994 Zedillo inauguró su mandato sexenal como, según opinaban casi todos los observadores nacionales y extranjeros, el primer presidente del PRI elegido sin el concurso decisivo de los tradicionales procedimientos de fraude. Aunque la legitimidad democrática de Zedillo no se cuestionaba, era imposible ignorar la detección del largo brazo de la maquinaria priísta, como el uso proselitista de recursos públicos, el empleo abusivo de los medios de comunicación y la inducción al voto a cambio de estipendios en los ámbitos clientelistas. Ahora bien, el PRI de 1994 ya no era el partido hegemónico que durante más de medio siglo había manejado los mecanismos representativos de la democracia formal a su capricho; tal condición había empezado a cambiar en las elecciones de 1988, y ahora el PRI debía conformarse con ser sólo un partido predominante o mayoritario.
El 19 de diciembre Zedillo no había cumplido su tercera semana de trabajo en la Residencia Oficial de Los Pinos cuando le salió al paso una de las sorpresas más desagradables nunca encajadas por un presidente recién inaugurado en cualquier país del mundo, aunque los nubarrones que presagiaban la tormenta ya llevaban un tiempo desprendiendo chispas. Aquel día, advertido por BANXICO de que las reservas de dólares se estaban agotando a toda velocidad en el vano intento de sostener al sobrevalorado peso, objeto de agresiones en el mercado cambiario, el presidente aprobó una devaluación monetaria del 15% que sin embargo fue invalidada de inmediato por la dinámica del mercado libre. Lo que se reveló, en toda su crudeza, fue una gravísima crisis financiera provocada por el embarque masivo de capitales especulativos, iniciado tras el asesinato de Colosio y acelerado en las últimas semanas, que totalizó los 24.000 millones de dólares. El peso, puesto en flotación el día 22, cayó en barrena y hasta el final de año perdió el 60% de su valor, convulsionando los mercados internacionales -el popularmente conocido como efecto tequila- y situando al sistema financiero mexicano al borde de la quiebra.
La catástrofe pudo ser evitada gracias a un apresurado plan de salvamento internacional, el cual, coordinado por el FMI y capitaneado por el Tesoro de Estados Unidos, inyectó desde el 21 de febrero 51.000 millones de dólares a cambio de un drástico plan de austeridad consistente en la subida de los impuestos indirectos y las tarifas de los servicios públicos, así como la contención de los salarios por debajo de los nuevos precios. La condición más extrema y dolorosa que le impuso Washington al Estado mexicano a cambio de la gigantesca contingencia crediticia fue el depósito como garantía de pago en un banco estadounidense de los 7.000 millones de dólares ingresados anualmente por las ventas petroleras, toda una hipoteca sobre el florón de la producción nacional.
El sistema financiero volvió a estabilizarse, pero 1995 lo cerró México con una recesión económica del -6,9% del PIB y una tasa de inflación del 52%. Además, la restauración del orden financiero condujo a la destrucción o la subcontratación de millones de puestos de trabajo, a una pérdida masiva de poder adquisitivo de la población y al crecimiento de las rentas más elevadas. Con un 40% de la población por debajo del umbral de la pobreza y al menos otro 25% en sus límites, México acentuó su condición como uno de los países con más desigualdades sociales de América Latina. Claro que el presidente, combinando deseos de solvencia y prurito nacionalista, dispuso lo necesario para lograr la rápida y completa amortización del préstamo de emergencia: el último tramo, intereses incluidos, fue reembolsado el 15 de enero de 1997, tres años antes del plazo establecido
La crisis interna de la formación nacida en 1929 con el nombre de Partido Nacional Revolucionario, iniciada con las convulsiones del período salinista (debate ideológico en torno al modelo económico liberal, resistencias de los sectores tradicionalistas, alzamiento indígena en Chiapas desde el 1 de enero de 1994, magnicidios de Colosio y Ruiz Massieu) y prolongada desde que Zedillo dejara claro que no estaba dispuesto a gobernar bajo presiones, se vio agravada con motivo de las elecciones legislativas federales y estatales del 6 de julio de 1997, las primeras celebradas bajo la nueva normativa. En aquella ocasión, por primera vez en su historia, el PRI perdió la mayoría absoluta en la Cámara de Diputados con el 38,8% de los votos y 239 escaños, 59 menos que en la legislatura anterior, así como los gobiernos de Querétaro y Nuevo León, que pasaron a manos del PAN y que se sumaron a los que la agrupación derechista ya poseía en Guanajuato, Jalisco, Chihuahua y Baja California.
El oficialismo se aseguró, con 76 escaños, la mayoría absoluta en el Senado, pero perdió la mayoría de dos tercios necesaria para aprobar modificaciones constitucionales sin apoyos externos. El gran vencedor de la jornada fue el PRD, cuyo líder, Cárdenas, arrasó con el 47,6% de los votos en las primeras elecciones a la jefatura de Gobierno del Distrito Federal, centro de poder muy importante por el peso demográfico, político y económico de la capital. Zedillo, confrontado a esta insólita cohabitación en la Ciudad de México, se apresuró a felicitar a Cárdenas y añadió que en lo sucesivo "ya nadie podrá tachar al PRI de ser un partido de Estado". Ciertamente, los comicios de 1997 permitieron apreciar la articulación de un nuevo sistema en el que la competitividad partidista era real y lo que antaño era inimaginable, la alternancia en el poder federal, un supuesto posible.
Para compensar la creciente dependencia económica de Estados Unidos, el Gobierno de Zedillo prosiguió con el hilvanado de una red de tratados de libre comercio (TLC) bilaterales. El Acuerdo de Complementación Económica suscrito con Chile en septiembre de 1991 dio paso el 17 de abril de 1998 a un TLC que entró en vigor el 1 de agosto de 1999; el 1 de enero de 1995 entraron en vigor los TLC adoptados con Costa Rica el 5 de abril de 1994 y con Bolivia el 10 de septiembre siguiente, y el 1 de julio de 1998 le tocó el turno al establecido con Nicaragua; mientras tanto, continuaron las negociaciones con Panamá, Perú, Ecuador y, ya en el plano multilateral, con Honduras, Guatemala y El Salvador. Con estos tres países, que forman el denominado Triángulo Norte Centroamericano, México adoptó el consiguiente TLC el 29 de junio de 2000, que para el país norteamericano no iba a entrar en vigor hasta el 14 de marzo de 2001.
Estos tratados bilaterales, que se sumaron al alcanzado en el seno del G-3 (con Colombia y Venezuela) en septiembre de 1990 y cuya aplicación comenzó el 1 de enero de 1995, subrayaron la diversificación de los tratos comerciales mexicanos, si bien su importancia real era relativa (menos, tal vez, los firmados con Chile y el G-3), dado que el volumen del comercio del país con el conjunto de América Latina era mínimo, no superando el 5% del total de sus intercambios. Además, sus ventajas arancelarias iban a ser subsumidas en procesos multilaterales de mayor alcance, cuando entraran en servicio el área de libre comercio entre el G-3 con Centroamérica, en 2003, y el Área de Libre Comercio de Las Américas (ALCA), que afectaba a todo el continente y cuya fecha de arranque era 2005.
En una línea de verdadero diálogo político se inscribió el acuerdo de libre comercio con la Unión Europea (UE), firmado por Zedillo en Lisboa el 23 de marzo de 2000. Aprobado el 24 de noviembre de 1999 y tratándose de hecho del capítulo comercial del más ambicioso Acuerdo de Asociación Económica, Concertación Política y Cooperación -firmado el 8 de diciembre de 1997 y en vigor el 1 de octubre de 2000-, el documento de Lisboa pronosticaba siete años de trabajos hasta completar el desarme arancelario: éste comenzaba el 1 de julio de 2000 y debía culminar en 2003 por lo que respectaba a la UE y en 2007 en el caso de México.