La acción militar de enero de 1994 coincidió con la entrada en vigor del Tratado de Libre Comercio de América del Norte (TLC), firmado por México, Estados Unidos y Canadá. Más tarde declararon los integrantes del EZLN, que era su manera de decir aún estamos aquí en mitad de la globalización. Con la firma de este acuerdo comercial, los indígenas de Chiapas, México, en consecuencia, perderían los derechos sobre sus tierras. Esto provocaría en sus comunidades aún más pobreza de la que ya sufrieron, y la posibilidad de dejarlos sin ningún tipo de empleo. Así, ellos se unieron y se rebelaron. Los sublevados, tapados con pasamontañas, comenzaron un levantamiento e intentaron tomar 7 cabeceras municipales por pocas horas, otras como en el caso de Ocosingo por dos días, estas fueron: San Cristóbal de las Casas, Altamirano, Las Margaritas, Ocosingo, Chanal, es en este punto cuando hacen la llamada declaración de la Selva Lacandona.
En San Cristóbal de las Casas, el 1 de enero de 1994, los rebeldes entraron a la cabecera municipal. Mientras, Ocosingo fue sitiada por neozapatistas desde las 6:00 a.m, siguiendo el mismo procedimiento que en San Cristóbal de las Casas. En San Cristóbal de las Casas los zapatistas lanzan un comunicado. Los Neozapatistas declaran oficialmente la guerra al Gobierno de México y anuncian sus planes de dirigirse hacia la capital. En los combates el "EZLN" toma como prisionero de guerra a un exgobernador de Chiapas, el general Absalón Castellanos Domínguez. Al dejar la ciudad y dirigirse al cuartel de Rancho Nuevo, comienza un enfrentamiento que termina con el repliegue de las fuerzas rebeldes.
Durante muchos años, desconocidos para el resto del mundo, los pueblos indígenas de Chiapas fueron dando mala tierra de granja y vivieron en la pobreza. El levantamiento Zapatista se produjo porque la gente se dio cuenta de que merecían democracia, justicia, dignidad y la libertad de las limitaciones socio-económicas que el gobierno colocó en ellos. Pronto se dieron cuenta de que la mejor manera de hacer esto, era crear conciencia en el resto del mundo frente a su indignante situación. El levantamiento comenzó inicialmente como guerrilla violenta, pero pronto el Ejército Zapatista se dio cuenta de que con sus guerrilleros inexpertos y sin financiación no eran rival para el gobierno mexicano y su ejército. Se dieron cuenta que la única manera para luchar, era por medio de las palabras. En la declaración de un alto el fuego, el Ejército Zapatista comenzó campañas en internet, simplemente para involucrar al resto del mundo. Esta campaña de internet fue benéfica a su causa por muchas razones. Anteriormente, cualquier información que estaba saliendo con el resto del mundo se filtró desde el gobierno y por supuesto, era anti-zapatista. Pero el internet permitió a estas personas explicar su situación sin prejuicios, y así su causa se extiende por todo el mundo. Pronto todos los ojos estaban viendo este levantamiento en México. Con el resto del mundo mirando ganaron influencia política sobre el gobierno mexicano. Los Zapatistas aprovechan del internet para mantener viva su causa para que la gente no se olvide las malas condiciones de vida de los pueblos indígenas
Los primeros enfrentamientos entre el EZLN y el gobierno se dan en la catedral de San Cristóbal de las Casas. El diálogo con el gobierno se extendió durante un período de tres años y acabó con la firma de los Acuerdos de San Andrés, que incluía modificar la constitución nacional para otorgar derechos, incluyendo autonomía, a los pueblos indígenas. Una comisión de diputados de partidos políticos, llamada Comisión para la Concordia y Pacificación (COCOPA) modificó ligeramente los acuerdos con la aceptación del EZLN.
El presidente de México de entonces, Ernesto Zedillo Ponce De León, sin embargo, dijo que el Congreso tendría que decidir si lo aprobaba o no, negándose a enviar la iniciativa tal cual, a la cámara de diputados. Afirmando que se habían violado los acuerdos de la mesa de negociaciones. El EZLN volvió a las montañas, donde Zedillo aumentó la presencia militar en Chiapas para evitar que se extendiera la zona de influencia de éste. Una tregua no oficial acompañó el silencio del Ejército Zapatista de Liberación Nacional durante los siguientes tres años, los últimos del mandato de Zedillo.